Zu Beginn der Kampagne findet sich der Spieler, der in die Schuhe des Protagonisten Jason schlüpft, in einem kleinen Käfig wieder. Durch die aus Bambus gefertigten Streben wird er von Vaas, dem psychisch instabilen Anführer einer Piraten-Gruppe, betrachtet, der ihn und seine Freunde entführt hat. Ihm gegenüber befindet sich sein Bruder, durch dessen Taten sie entkommen können. Nun ist es die Aufgabe des Spielers, seine Freunde wieder zu befreien und dabei die Bevölkerung im Kampf gegen die Piraten zu unterstützen.